一直隐藏在月球的巴尔坦星人利用这段时间，建立庞大基地，并且重新製造了第二代的宇宙忍者，牠身高50公尺，体重15000公吨，外型与第一代类似。
第二代宇宙忍者降临日本，展开强势攻击，民眾死伤惨重，日本政府派出「科学特搜队」加以对抗，但是第二代宇宙忍者的超能力更胜第一代，身形忽大忽小，双手的冻结光线尤其恐怖，「科学特搜队」被打得落花流水，全军覆没。
早田进无惧危险，立即以变身器化为身高40公尺，体重35000公吨，肌肉健美的超人力霸王。
早田进并不知道，这是他最后一次使用变身器了。
超人力霸王看似强壮，其实他的能量已经接近消耗殆尽，但是超人力霸王依然奋勇对战第二代宇宙忍者。
第二代宇宙忍者擅长隐身术，身体伸缩自如，双钳锋利无比，破坏射线猛烈，尤其是胸前新增的镜子能够反射超人力霸王所有的光线攻击，衰弱的超人力霸王节节败退，不久便遭第二代忍者剪断四肢，肚破肠流，浑身是伤，血流成河，在地上翻滚挣扎，再次陷入死亡边缘。
早田进虽然歷经无数次的摧残，还是痛苦到几乎要昏过去，与超人力霸王同样徘徊于死神面前。
但是第二代宇宙忍者并没有直接杀死超人力霸王，而是将伤重的超人力霸王捉回巴尔坦星人的月球基地，巴尔坦星人利用先进科技，将早田进与超人力霸王分离开来，接着把超人力霸王丢入搅拌机中切为碎肉，然后以高温将超人力霸王烧成灰烬、排入外太空中，英勇的超人力霸王再也无法重生，悲惨丧命，成为漂浮在宇宙中的尘埃。
早田进的命运更是糟糕，原来巴尔坦星人之所以将早田进与超人力霸王加以分开，是想要试图结合地球人与巴尔坦星人，以便佔领地球之后方便统治，于是对早田进实施各种试验。
早田进衣裤被脱，赤身露体地惨遭各式折磨，包括挖眼割鼻、四肢扯断、电击、冰冻、烧烤，他惨叫到声音都哑掉了，数度痛昏又被弄醒，一直到巴尔坦星人发现实在无法与地球人结合，便将奄奄一息的早田进丢入搅拌机中剁为肉末，一样烧成灰烬丢到外太空，年轻帅气的早田进壮烈牺牲。
然而当超人力霸王与早田进的灰烬在宇宙中相碰之际，由于长期的一体同心，二人竟然再度结合，超人力霸王短暂復活，以强大的斯派修姆光线攻击巴尔坦星人的基地，所有巴尔坦星人及第二代宇宙忍者来不及逃生，全数被超人力霸王歼灭。
完成最后使命，超人力霸王与早田进消散无踪。